減少因檢驗而產生的血量流失，對于新生儿來講是非常重要的。考虑样品運送的方便，以便筛查服務普及至偏遠地區，新生儿筛查的样品採集最常使用以足跟部位採取微量血液(約0.2～0.3 c.c.)方法，滴在一种特殊濾紙上，陰干后郵寄至筛查單位。足跟採血若使用不當的器具或方法，不是血量採集不足，就是擠壓過度造成溶血或滲入体液而影響檢驗結果；甚至有可能导致新生儿感染或產生骨髓炎(Osteomyelitis)，造成严重的后遗症。
　※ 採血程序：

1. 一般新生儿應于出生后二至五天(至少喂奶滿36小時)內，採集新生儿筛查样品。最好時机是在嬰儿剛洗過澡后採血，若不在洗澡后採血，可用熱毛巾(39~44℃)熱敷足跟，使微血管擴張。

2. 首先必須特別注意穿刺前的消毒，採血者應先洗手，而后在穿刺部位以75%酒精棉球擦拭完全，再用消毒過的干棉球擦干。

3. 選擇穿刺針(Lancet)的尖針長以不超過2.4 mm，寬以1.5～2.3 mm为宜，過長或過寬的穿刺針都会造成過大的傷口。

4. 穿刺部位應選擇足跟兩側部位，絕對避免穿刺足跟曲部，以免扎到跟骨引发骨髓炎。

5. 穿刺時，先以中指扣壓腳背，食指夾住腳掌，拇指扣住欲穿刺位置的下方腳踝處；穿刺針以垂直方向穿刺。

6. 穿刺后流出的第一滴血可能含有体液或皮膚碎片，應用消毒過的干棉球拭除。之后給予適度的加壓並間歇鬆放以保持血液的流出，以毛細管或其他微量容器(抗凝劑为Heparin)接收，毛細管務必從有「紅色標記」的管口接血。

7. 取樣完成后(約三支毛細管)，以垂直于濾紙标本的方向從濾紙正面轻塗在滤纸片的圓圈上。塗了兩支半毛細管的血，應將濾紙翻面，檢視濾紙背面的血點是否有不飽合現象。若有應從濾紙正面補足血點(不可以從背面塗血)(至少四個圓圈)。

8. 將样品平置在陰涼處(25℃以下)陰干(約3-4小時)。若不能立即寄出样品，應將样品封入纸袋中，保存于4℃的冰箱。

9. 样品採集后應盡快寄出，最慢不得超過三天，以爭取筛查時机。样品應到郵局以掛號寄出，切不可投入「郵筒」，以確保样品无丢失。
　　另有一种样品採集方式为採取新生儿的臍帶血(亦可滴在濾紙檢体上)。然而採集臍帶血易有母血或羊水的污染，会影響檢驗結果，而且不能筛查氨基酸或糖类代谢异常的疾病，所以仅少数地區採用此种样品进行新生儿筛查。